Segundo o Sisu, a nota de corte é calculada para cada curso "com base no número de vagas disponíveis e no total dos candidatos inscritos naquele curso, por modalidade de concorrência". Ou seja, um mesmo curso terá nota de corte diferente para candidatos segundo a ampla concorrência (onde não há reserva de vagas) e segundo as diferentes cotas. Na última edição do sistema, em 89% dos cursos a política de cotas permitiu a aprovação de estudantes que só passaram por terem concorrido a vagas reservadas.
A lei federal prevê quatro tipos de cotas: 1) para alunos de escola pública; 2) para alunos de escola pública que tenham renda familiar de até 1,5 salário mínimo; 3) para alunos de escola pública que se declarem negros, pardos ou indígenas; e 4) para alunos de escola pública que tenham renda familiar de até 1,5 salário mínimo e também se declarem negros, pardos ou índios o sistema de cotas).